澳門基金會的機關為信託委員會、行政委員會及監事會。信託委員會主席由澳門特別行政區行政長官擔任。

信託委員會負責維護基金會的宗旨，其權限主要是審議活動計劃、活動報告、預算建議及財務報告、指導行政委員會工作、審議100萬澳門元以上的資助批給申請等。

行政委員會的主要工作是負責基金會的日常行政和財產管理、參予與基金會宗旨相符的活動或項目、審議不超過100萬澳門元的資助批給申請等。

監事會主要負責審查基金會的帳目、定期查核基金會的財務狀況及應信託委員會的請求，執行其他監察職責。

澳門基金會設以下附屬單位：

資助廳：負責跟進資助申請及協助制定有助推動達至基金會宗旨的資助計劃，以及就批給特別資助或透過簽訂合作協議提供財政支持的資助工作進行分析，並向行政委員會提交報告。資助廳下設：

    ◆ 資助管理處：主要跟進及處理涉及資助批給程序的事宜、輔助資助評審委員會的工作，以及向上級提交資助批給及優化制度的建議。

    ◆ 資助監察處：主要跟進資助批給的執行情況及申訴事宜、分析受資助者提交的報告，以及就優化資助監管制度提出建議。

綜合事務廳：負責提供行政、財政及技術支援，對基金會資金的管理進行分析及建議，以及對行政運作進行定期檢討及建議改善措施，並策劃及統籌基金會或配合政府施政的措施或活動。綜合事務廳下設：

    ◆ 人事及技術支援處：主要負責人力資源的管理及發展、統籌資訊範疇及電子政務的工作，以及向基金會的機關及其他附屬單位提供技術支援。

    ◆ 財政及財產處：主要負責會計、出納、採購及財產管理、投資，以及編製預算及財務報告。

    ◆ 活動處：主要負責舉辦、合辦或開展配合政府施政、有助促進達至基金會宗旨的活動或項目，以及統籌及出版書刊。

組織架構

人員名單

信託委員會

主席：澳門特別行政區行政長官 賀一誠

成員：李沛霖、林綺濤、容永恩、馬若龍、陳明金、梁安琪、陸波、劉潤輝、陳虹、吳小麗、莫志偉、華詩韻、陳華強、馬志華、廖啓承

行政委員會

主席：吳志良

副主席：鍾怡

兼職成員：何桂鈴、區榮智、黎振強

監事會

主席：黃顯輝

成員：何美華、陸永根、劉永年